Theo IUCN, sự suy giảm số lượng 96-98% đã xảy ra trong khoảng thời gian từ năm 1946, và số lượng phổ biến rộng rãi khoảng 5.000 đến 10.000 cá thể đã bị giảm xuống một số lượng rất nhỏ số lượng nhận diện được ít hơn 235 cá thể vào năm 2006. Sự suy giảm mạnh của cá sấu Ấn Độ có thể là do nhiều nguyên nhân, bao gồm cả săn bắn quá nhiều, thu gom trứng để tiêu thụ, giết cho y học cổ truyền và giết bởi ngư dân.